De oorsprong van de collecties ligt halverwege de 19e eeuw nadat in 1840 de Broeders van de H. Aloysius van Gonzaga - kortweg de broeders van Saint Louis – hun onderwijsinstituut in Oudenbosch waren begonnen.
Uit allerlei missiegebieden kregen en brachten de broeders veel natuurhistorische en volkenkundige objecten mee, deels als souvenir, deels ten dienste van het onderwijs. Maar ook belangstelling van broeders voor bijvoorbeeld archeologie, heemkunde en geschiedenis leidde tot omvangrijke en unieke collecties. In de loop der tijd werden diverse objecten geschonken of aangekocht.
Opgezette dieren, natuurkundige instrumenten, archeologische vondsten en voorwerpen uit de ‘missielanden’ vonden hun plaats binnen de schoolmuren. Zo ontstond een ‘physisch kabinet’ en een ‘indisch museum’.
In 1906 werd de collectie inheemse zangvogels van de heer Van den Bogaert uit ’s Hertogenbosch aangekocht. Deze omvatte alle toen in Nederland voorkomende zangvogels plus enkele uitzonderlijke exemplaren zoals een albinokauw.
De collectie was niet voor het ‘gewone’ publiek toegankelijk.
Als lagere schooljongen mocht je, als de broeder-onderwijzer jarig was of...... eens heel erg goede zin had, met de klas naar die verzameling gaan kijken. Vol eerbied stond je dan voor die hoge witgeverfde kasten, propvol met allerlei zaken waar je niet veel van snapte.
In 1956 werden de aparte lokalen samengevoegd tot één museum: het Natuurhistorisch en Volkenkundig Museum. Twaalf jaar later verhuisde de hele collectie naar de leegstaande studiezalen van de Reginabouw. Dat was een groot gebouwencomplex, daterend uit 1904, waarin een uloschool, een lagere school en een kweekschool voor onderwijzers waren gevestigd. Het gebouw was gewijd aan de heilige Maria en draagt daarom de naam Reginabouw (regina is latijn voor koningin).
De kweekschool is in een vlaag van ‘oude-gebouwenwoede’ afgebroken, de basisschool (de Mariaschool) maakt er nog steeds deel van uit en de uloschool is al vele jaren uit de onderwijs-wereld verdwenen. Na overbrengen van de museumstukken naar de Reginabouw werd het museum ook toegankelijk voor andere bezoekers.
In 1979 meldde de Vereniging van Musea in Brabant al dat het museum ‘in zijn huidige vorm zowel qua collectiesamenstelling alsmede qua inrichting (hoge vitrines) langzamerhand uniek in zijn soort is’.
In de jaren tachtig kocht de gemeente Oudenbosch het complex van de broeders. De collectie werd in 1985 ondergebracht in een officiële stichting: het Natuurhistorisch en Volkenkundig Museum. De collectie omtrent de geschiedenis der Zouaven was toen al ondergebracht in een apart museum, het Zouavenmuseum. Sinds 2004 draagt het museum het predikaat ‘Geregistreerd museum’, waarmee het zich kan rekenen tot de top van de nederlandse musea.
Gebouw
Het gebouw staat bekend als de Reginabouw en dateert uit 1882. In de gevel aan de kant van de Markt staat een Mariabeeld met het onderschrift ‘Regina Coeli’ (koningin van de hemel). Om indertijd de toegang tot de dagschool voor de externe leerlingen te verbeteren, werd er een doorgang gemaakt in het oude pakhuis van Hembroeck aan de Markt. Op deze plaats bevindt zich nog altijd een belangrijke toegang tot het terrein van Saint Louis.
In 1909 werd de Reginabouw met een verdieping verhoogd. Hier kwamen een grote patronaatszaal en een tekenzaal. De patronaatszaal verrees op verzoek en op kosten van de parochie. De zaal kon met een houten wand in twee ruimten worden verdeeld en diende ten behoeve van het jeugdwerk in de parochie. Tijdens de Eerste Wereldoorlog deed deze ruimte dienst als ontspanningszaal voor de vele militairen die in Oudenbosch en op Saint Louis waren ingekwartierd. Het eigendomsrecht van de zaal rustte bij de broeders, het gebruiksrecht bij de parochie. In 1948 werd dit gebruiksrecht door Saint Louis afgekocht. In de lokalen onder de patronaatszaal werd catechismusles gegeven. Later werden deze lokalen in gebruik genomen als Ulo. De ulo bleef gebruik maken van de lokalen tot de opening van de Hellemons-ulo aan de Beukenlaan in 1959.
Omstreeks 1970 werd de bovenzaal van de Reginabouw ingericht als Natuurhistorisch- en Volkenkundig Museum, tot die tijd ondergebracht in de Vincentiusbouw. Latere verbouwingen, de laatste grote in 1997, zorgden ervoor dat het museum werd uitgebreid met de benedenverdieping. Hierbij werd ook de gevel aan de Marktzijde in oude glorie hersteld.
In 2011 is de Bovenzaal gerestaureerd en in oude luister hersteld. De zaal ademt de sfeer van de 19e eeuw, mede dankzij de authentieke vitrinekasten.